Katedra systémového inženýrství a informatiky pokračuje v tradici dřívějších kateder, tj. Katedry systémového inženýrství a Katedry automatizovaných systémů řízení v ekonomice, jenž patřily k nejstarším katedrám na Ekonomické fakultě. V novodobé historii došlo ke změně sloučením kateder Systémového inženýrství a Aplikované informatiky. I přes úpravy názvu si katedra dlouhodobě udržuje stejnou oblast zájmů se snahou o rozšíření související s aktuálním vývojem.
Odborné zaměření členů katedry pokrývá problematiku kvantitativní a informatické podpory různých oblastí systému řízení v organizacích a institucích.
Katedra se tradičně orientuje na výchovu specialistů - systémových inženýrů, kteří naleznou uplatnění v nejrůznějších oblastech řízení organizace a širokou oblastí znalostí představují podporu aktivit managementu.