Nově akreditovaný doktorský studijní program Systémové inženýrství a informatika se věnuje výchově vysoce kvalifikovaných odborníků, kteří jsou schopni propojit získané znalosti a dovednosti z oblasti systémových disciplín při řešení širokého okruhu ekonomických a technických problémů s podporou informačních a znalostních systémů. Studium je zaměřeno i na vývoj a aplikace nových metod a technik pro pozitivní inovace vývoje a fungování těchto systémů ve znalostní společnosti. Studijní program má interdisciplinární charakter a propojuje oblasti vzdělávání ekonomické obory (60 %) a informatiku (40 %).
Absolventi programu mohou působit jako systémoví analytici, vývojáři systémů, vrcholoví IT pracovníci v institucích, projektoví manažeři, akademici nebo vědecko-výzkumní pracovníci. Studijní program je nabízen v českém a anglickém jazyce.